4．施設と研究機器
 1．標本館（1984年1月完成）：国内2位の規模を誇る魚類標本（約3,000種、300,000点）を所蔵しています。魚類標本の多くは旧水産生物学講座の初代教授であった故松原喜代松博士が我が国の魚類分類学の基礎を築く過程で収集されたものです。標本所蔵庫のほかに事務室、教員室、会議室、講義室、実験室などもあります。 研究機器リスト（標本館） |
 2．研究棟（2002年3月完成）：１階には生物分析と化学分析に用いる実験室が3部屋と工作室が1部屋あります。2階には教員や船長，学生や外来研究者のための研究室が6部屋あります。 研究機器リスト（研究棟） |
 3．飼育棟（2002年3月完成）：大型水槽置場と恒温室4部屋、実験室、資材室を備えています。舞鶴湾から汲み上げた海水を濾過槽に通して濾過海水を製造し、海産生物の飼育に用いています。 |
 4．宿泊棟（1984年1月完成）：学生宿泊室（定員8名）5部屋と外来研究者宿泊室（定員2名）3部屋、食堂、浴室、洗濯場を備えています。実習期間中は昼食と夕食のサービスを利用することができます。 |
 5．工作棟（1945年完成）：工作室と資材室および多目的室を備えています。調査や実験に用いる機材の作成や修理を行います。 |
 6．旧緑洋丸（1990年3月完成）：全長16.5 m、総トン数18 t、ディーゼル370馬力（2基）、最大速力21ノット、定員30名、FRP製の教育研究船です。大人数による実習および遠方海域の調査に使用されています。 搭載機器リスト（緑洋丸） |
 7．新緑洋丸（2015年12月完成）：全長17.7 m、総トン数14 t、ディーゼル734馬力、最大速力20ノット、定員26名、FRP製の教育研究船です。旧緑洋丸の代船として建造されました。後甲板に漁業クレーンを備えます。 |
 8．観測機器：多項目水質計、小型メモリ水質計、携帯型魚群探知機などを備えています。 観測機器リスト |
 9．採集器具：採水器、採泥器、桁網、稚魚ネット、プランクトンネットなどを備えています。 採集器具リスト |