１９７２年、京都市に移転した農学部水産学科の跡地に設置された。 面積は2.0ha、北緯35°29′、東経135°22′にあり、 年平均気温は14.3℃、年降水量は1,786mmである。京都大学から北北西64kmに位置する。

海の生き物と環境に関する多面的な研究を展開しており、沿岸に暮らす魚類・無脊椎動物の生活史や環境との関わりについての野外研究と飼育実験的研究、 ならびに魚類の系統分類学的研究を主に行っている。

特に、ヒラメなど浅海域を生育場とする魚種や、スズキなどの海と川を行き来する両側回遊性魚種については国内有数の研究拠点である。

　日本海側で唯一の大学附属水産実験所であり、国内外の研究者の研究拠点として、さらに理科系教員ならびに他大学学生の実習拠点としても広く利用されており、 関連試験研究機関と連携した研究も積極的に進めている。

また、地域には大学がないことから社会教育に貢献すべく、市民を対象とした公開講座や見学会を開催している。